सरकारी प्रतिभूतियों में खुदरा व्यापार के लिए समाशोधन और निपटान तंत्र इक्विटी बाजारों के लिए स्टॉक एक्सचेंजों में उपलब्ध मौजूदा संस्थागत तंत्र पर आधारित है। निरंतर व्यापारिक सत्रों के दौरान निष्पादित ट्रेडों को बहुपक्षीय नेटिंग की प्रक्रिया के माध्यम से व्यापारिक घंटों के अंत में शुद्ध किया जाएगा। लेन-देन को सदस्य-वार और फिर स्क्रिप-वार घटाया जाएगा ताकि सदस्यों के शुद्ध निपटान और भुगतान दायित्वों का निर्धारण किया जा सके।
इन सदस्यों के संबंध में वितरण दायित्व और भुगतान आदेश एक्सचेंज के समाशोधन और निपटान प्रणाली द्वारा उत्पन्न होते हैं। ये विवरण प्रतिभूतियों और निधियों के लिए सदस्यों के पे-इन और पे-आउट पदों को इंगित करते हैं जो तब अपने समाशोधन बैंकों और डिपॉजिटरी को आवश्यक निर्देश देंगे।
सरकारी प्रतिभूतियों में खुदरा व्यापार की कस्टोडियल पुष्टि। इक्विटी सेगमेंट में उपलब्ध 6ए-7ए तंत्र का उपयोग करके भी उपलब्ध है। विभिन्न निपटान संबंधी गतिविधियों की अनुसूची जैसे दायित्व डाउनलोड, हिरासत की पुष्टि, धन और प्रतिभूतियों का पे-इन / पे-आउट, वर्तमान में इक्विटी सेगमेंट में लागू होने के समान है। RBI के एक परिपत्र के अनुसार, RBI द्वारा विनियमित संस्थाओं को एक कस्टोडियन के माध्यम से एक्सचेंज में खुदरा ऋण खंड में अपने लेनदेन का निपटान करना है।